La mayor parte del tiempo, el cuerpo de agua se queda vacío y estático.
Las recientes lluvias revivieron al Río Sonoyta y aumentaron el volumen de agua en su caudal. Se estima que el incremento se debe a precipitaciones provocadas por la serie de monzones registrados en Sonora en los últimos días. En ese contexto, el cuerpo de agua permanece seco durante la mayoría del año.
Contrario a otros ríos, el de Sonoyta no mantiene una corriente permanente, ya que su comportamiento depende de las lluvias que recibe la región. Por encontrarse en una zona desértica del norte de Sonora, el agua aparece de manera temporal cuando el flujo pluvial es suficientemente intenso para generar escurrimientos que alimentan el cauce.
El recorrido del Río Sonoyta comienza en Arizona, Estados Unidos, y posteriormente continúa hacia territorio mexicano. Su trayecto atraviesa el municipio de Sonoyta, donde, dependiendo de la temporada, este modifica de manera considerable la fuerza de su corriente.
